Geografi Varian Omicron yang Ditemukan di Kalimantan Selatan

Oleh: Hidayatullah Muttaqin

Berdasarkan data hasil pemeriksaan WGS Balitbangkes Kementerian Kesehatan yang diupload di GISAID dan dianalisis Cov-Spectrum (diakses 9 Februari), ada 11 kasus varian Omicron di Kalimantan Selatan. Sampel tersebut dikoleksi dari 18 Januari hingga 25 Januari 2022 dari pasien di .RSUD dr Moch Ansari Saleh dan RSUD Ulin Banjarmsin.

Sampel berasal dari pasien dengan kriteria kelompok umur 20-29 tahun sebanyak 6 orang, 30-39 tahun 3 orang, 40-49 tahun 1 orang dan 50-59 tahun 1 orang. Lineages atau garis turunan varian Omicron yang ditemukan di Kalimantan Selatan adalah BA.1 dan BA.1.1.

Merujuk pada data GISAID yang telah diolah CovMT (diakses 9 Februari), dari 7 sampel kasus varian Omicron Kalimantan Selatan sebanyak 2 sampel merupakan hasil mutasi lokal di Banjarmasin dan 1 sampel mutasi lokal di Jakarta. Sebanyak 4 sampel lainnya adalah virus yang berasal dari Cambrai (3 sampel) dan Marseille (1 sampel). Keduanya dari Perancis.

Virus mutasi lokal Banjarmasin tersebut adalah dua mutasi berbeda dan masing-masing baru dilaporkan 1 sampel kasus pada 18 dan 24 Januari. Sedangkan virus mutasi lokal Jakarta yang ditemukan di Banjarmasin ada 290 sampel pada level nasional. Pertama kali virus ini ditemukan pada 7 Januari dan terakhir terlihat 21 Januari 2022.

Adapaun virus mutasi asal luar negeri yang berasal dari Cambrai Perancis pada tingkat global ada 3.154 sampel sedangkan di tingkat nasional ada 3 sampel dan semuanya berasal dari Banjarmasin. Virus asal Cambrai ini pertama kali ditemukan pada 17 Januari 2021 dan terakhir kali 28 Januari 2022. Di Banjarmasin, koleksi sampel virus ini diambil dari pasien pada 20, 22 dan 24 Januari 2022.

Untuk virus yang berasal dari Marseille, pada tingkat global ada 199 sampel dan nasional 3 sampel di mana salah satunya ditemukan di Banjarmasin pada 18 Januari. Pertama kali virus ini ditemukan pada 1 Desember 2021 dan terakhir kali 31 Januari 2022. Data tanggal terakhir kali dilihat dapat berubah seiring dengan pertambahan sampel virus mutasi yang sama dari update data GISAID.

REFERENSI

Chen, C., Nadeau, S., Yared, M., Voinov, P., Ning, X., Roemer, C. & Stadler, T. “CoV-Spectrum: Analysis of globally shared SARS-CoV-2 data to Identify and Characterize New Variants” Bioinformatics (2021); doi: 10.1093/bioinformatics/btab856.

Intikhab Alam, Aleksandar Radovanovic, Roberto Incitti, Allan A Kamau, Mohammed Alarawi, Esam I Azhar, Takashi Gojobori, CovMT: an interactive SARS-CoV-2 mutation tracker, with a focus on critical variants, The Lancet Infectious Diseases, 2021, ISSN 1473-3099, https://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00078-5